Der kleine, behinderte Sohn Nemo von dem Clownfisch-Vater Marlin wird von Hobbytauchern gefangen und in ein Aquarium entführt. Daraufhin macht sich der Vater auf eine abenteuerliche Suche durch das Meer nach dem Sohn. Er findet Freunde wie den Paletten-Doktorfisch Dorie, hat aber auch mit vielen Gefahren zu kämpfen.